五結防潮副閘門興建於民國58年，後於民國84年拓寬增建11公尺，惟經年累月舊有閘門RC結構老舊龜裂損壞、操作平台保護不足、機械銹蝕、防汛道路低且無防浪牆易受浪侵等缺點，使閘門逐漸失去防洪之功用。
「五結防潮副閘門改建工程」完工後，強化閘門結構、抬高操作平台高程以保護人員操作安全與機械不受潮浪侵蝕、增加出口通洪斷面加速內水外排、增加閘門水密性及抗蝕強度、施作反波牆抵抗浪侵、抬高防汛道路以維持颱風暴雨時車輛通行能力等等功能。新設操作機房移至抽水站內並抬高操作高程，結合抽水站間之聯合操作性。
工程主要內容為既有防潮閘門拆除、新設18組直提式閘門及6組自動閘門、新設防潮閘門操作機房、增設既有防潮堤約300m。工程總經費約為13,500萬元，於107年12月25日開工，並於109年7月完工。