本分署轄區包括蘭陽溪及和平溪之二條中央管河川，與宜蘭縣及連江縣全縣沿岸海堤整建、治理、管理，另尚辦理轄區水文調查、觀測及分析業務。
規劃科:
水文及規劃基本資料測驗、調查及資料統計分析與管理及河川排水及海堤治理計劃之規劃事項。目前轄區設有雨量站十二站、水位流量站八站、地下水觀測井四十五口。
工務科:
掌理工程之勘測、設計施工、工務行政及監工等事項。經辦：中央管河川堤防新建、河海堤養護、歲修、災害修復工程等。
管理科：
掌理轄區內河川、海堤管理及巡防、河川海堤區域之勘測、河川公地使用申請及違法違規行為之預防與取締處罰等事項。
資產科：
掌理轄區內河川浮覆地處理、國有地清查、水利工程用地徵收價購及辦理本分署各項資訊業務等事項。
秘書室：
掌理文書、檔案、出納、事務、財產管理、研考及不屬於其他各組室之事項等。
會計室：
依法辦理歲計、會計、統計等事項。
人事室：
依法辦理有關人事行政各項業務。
政風室：
依法辦理有關政風法令、擬訂宣導、機密維護、員工貪瀆不法預防、發掘及處理檢舉以及政風興革建議等事項。